RNA-Seqデータ解析    

RNA-Seqデータ解析    

         

著者名:坊農秀雅/編

出版社:羊土社

出版年月:2019年11月


書籍 新刊

ISBNコード:9784758122436

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価格:¥4,950(税込)

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目次情報 内容紹介 推薦人

序文(本書の編集方針)
Annual UpdateとWeb Supplementについて
Chapter1 まずはこれだけ!解析環境を整える〜Mac+Biocondaを中心に【安水良明】
Chapter2 データを入手する
(1)RNA-Seqの注意点〜外注時のリード数,小分子・長分子での違いなど【木本舞】
COLUMN RNA-Seq vs マイクロアレイ【石井善幸】
(2)公共データの利用〜AOEとRefEx,SRAデータ取得,メタ解析【坊農秀雅】
Chapter3 転写産物の発現を定量する
(1)リファレンスゲノムにマッピングする方法①〜HISAT2 + StringTie【安藤美波,粕川雄也】
(2)リファレンスゲノムにマッピングする方法②〜STAR + RSEM【上樂明也】
COLUMN Strand NGS〜RNA-SeqデータをGUIで解析する【田中英夫】
(3)リファレンスゲノムにマッピングしない方法〜salmon,kallisto,tximport & RNA-Seq定量にまつわるFAQ【露﨑弘毅】
(4)転写開始点を解析する方法〜CAGE【森岡勝樹】
COLUMN 各種ツールの実行時間比較【丹下正一朗】
Chapter4 リファレンスゲノムのない生物でde novo解析を行う【横井翔】
Chapter5 発現変動遺伝子群を検出する【門田幸二】
Chapter6 サンプル間の発現変動した遺伝子群の機能を推定する〜エンリッチメント解析【仲里猛留】
COLUMN Ingenuity Pathway Analysis〜発現プロファイルの生物学的意義をGUIで解析する【執筆/Stuart Tugendreich,Jean-Noel Billaud,訳/國田竜太】
COLUMN アノテーション情報とID変換〜Gene Ontology,BioMart,Spotfire【坊農秀雅】
Chapter7 多数のサンプル間の類似度を比較する〜1細胞RNA-Seqの場合
(1)次元削減と可視化【佐藤建太,二階堂愛】
(2)類似度の計算とクラスタリング【佐藤建太,二階堂愛】
COLUMN 1細胞RNA-Seq解析の動向【佐藤建太,二階堂愛】
Chapter8 リードカウント以降の統合解析をウェブブラウザで行う〜iDEP【上坂一馬】
Chapter9 論文投稿に必須!データを登録・公開する〜DRA,GEA【児玉悠一】
COLUMN 解析結果を論文発表する際にはここに気をつけよう【坊農秀雅】
索引

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